1872 war der Neusiedler See bereits wieder voll. In der Folge wurde die Raabregulierungsgesellschaft gegründet, die die Aufgabe hatte, den See für immer trocken zu legen. In Meyers Konversations-Lexikon von 1905 steht dazu: .. Aus Anlass der Raabregulierung und der Trockenlegung des Hanság plant man eine gänzliche Ablassung des Sees... So wird 1885 mit der Planung eines Kanals von Pamhagen zur Rabnitz (Burgenland) begonnen. Aber erst 1895 wurde mit dem Bau des Einser-Kanals begonnen und 1909 wurde er fertig gestellt. Durch ständige Verschlammung und Verlandung diente er bestenfalls zur Regulierung des Sees, aber nicht zur Trockenlegung. Dazu wären weitere Kanäle geplant gewesen, deren Namen 'Zweierkanal', Dreierkanal' und so weiter lauten sollten. Weitere Kanäle wurden nicht gebaut, Trockenlegungspläne für den See wurden indes weiterverfolgt. So fand am 24. und 25. April 1918 eine Begehung im Seegebiet statt. Beteiligt waren der Direktor der Regulierungsgesellschaft der Raab, Ministerialbeamte, Ingenieure als Sachverständige und der Rechtskonsulent von Nikolaus IV. Fürst Esterházy (1869 - 1920).

Die "Weiterführung" der Seeregulierung als "dringliche Sache", weil die wasserbedeckte Fläche für die Landwirtschaft nicht "benützbar" sei. Wegen des niedrigen Wasserstands sei der See auch für die Fischerei ungeeignet. Der ältere Plan des Baus eines "Verbindungsgrabens" im See zur Wasserableitung mit einer Sohlbreite von 15 Metern und hohen Dämmen von der Einmündung der Wulka bis zum Hanságkanal sei undurchführbar. Zweckmäßig sei die Eindämmung eines Seeteils. Diese - für Zwecke der Landwirtschaft ungeeignete - Teilfläche mit erhöhtem Wasserstand solle der "Fischteichwirtschaft" dienen, aber auch mit "Schilfrohrbeständen" verbleiben. Der (bisher) andere Seeteil werde indes gänzlich austrocknen. Damit würde der für eine landwirtschaftliche Nutzung brauchbare Boden gewonnen; dieser könne im Bedarfsfall aus dem Seerest bewässert werden. Die Hälfte des Seebeckens "gegen Westen" sei "des guten Schlammbodens wegen für die Bodenkultur zu retten". Das betreffe etwa 30.000 Joch zwischen Jois und Balf (Wolfs). Der östliche Teil zwischen Podersdorf und Illmitz - etwa 12.000 Joch - sei für die Fischerei einzurichten. Die übrigen Flächen seien nach den Wünschen der Eigentümer der einen oder anderen Kategorie zuzuordnen.

Am 18. Mai 1918 lud Nikolaus IV. Fürst Esterházy alle "Seeinteressenten" zu einer Konferenz am 15. Juni 1918 in Gyor (Raab) ein. Darin betonte er, der Neusiedler See habe als solcher "keine Bedeutung mehr" und es sei "für die Zwecke der Landwirtschaft ... bisher ein verhältnismäßig kleines Gebiet gewonnen worden". Er schloss mit der Wendung: "Wir sündigen gegen das Interesse der Landeskultur und gegen unser eigenes wirtschaftliches Interesse, wenn wir die Seefrage nicht ehestens ihrer endgültigen Lösung zuführen." Die Versammlung am 15. Juni 1918 fand unter dem Vorsitz des Fürsten statt. Ihr Gegenstand war das zuvor zusammengefasste Vorhaben. Die Interessenten konstituierten "einstimmig und mit Begeisterung" eine Seeregulierungsgesellschaft. Auch der Bischof von Gyor (Raab) Anton Fetser trat "wärmstens für die Seeregulierung ein". "Die Teilnehmer verließen die animierte Konferenz" sodann "in der Überzeugung, dass die Angelegenheit der Regulierung des Neusiedler Sees sich in bestem Fahrwasser befinde. ..." Dieser - nach deren Ansicht - "verheißungsvolle Entwässerungsplan" scheiterte jedoch durch den Anschluss des Burgenlands an Österreich. Die Umsetzung weiterer Pläne zur Trockenlegung des Neusiedler Sees verhinderten 1921 Jäger, Naturschützer und die Bevölkerung, die eine Klimaänderung befürchtete.

Im Jahr 1929 gefror der See bis zum Boden, und der Fischbestand wurde erneut vernichtet.

Im Jahr 1938 wurden Projekte zur Erhaltung und Stabilisierung des Sees geprüft. Dazu gehörten Zuleitungen von Donau bzw. Leitha zur Hebung des Wasserspiegels, Wehre beim Einser-Kanal und sogar der Einbau von Turbinen. Ein Querdamm von Mörbisch am See nach Illmitz sollte ein Staubecken im nördlichen Teil des Sees füllen und zur Trockenlegung des ungarischen Teils führen. Ein Querdamm und zwei Längsdämme am West- und Ostufer sollten eine Trockenlegung des Schilfgürtels bewirken. Dies konnte aber, unter anderem auch durch Stephan Aumüller, verhindert werden.

1941 erreichte der See seine größte Ausdehnung seit Menschengedenken. Er trat viele Kilometer weit über die Ufer und überflutete einige Teile von Anrainergemeinden. Straßennamen wie die Seeufergasse mitten in Apetlon zeigen noch heute, wie weit sich der See ausdehnen konnte.

1965 begann die Regelung in Mekszikópuszta, damit wurde die Überflutungsgefahr eingedämmt und das Schilfwachstum gebremst.

Zuflüsse sind u.a.:
Leissergraben - linker Zubringer zum Zweierkanal
Seewinkler Hauptkanal - rechter Zubringer zum Zweierkanal